Antef, pharaon de la Haute et de la Basse-Égypte, règne sur le pays depuis des décennies. Sous sa gouvernance, le pays vit dans le chaos le plus total. La majeure partie de la Basse-Égypte est sous le contrôle des Hyksos et la population est réduite en esclavage. Le restant du pays est sous l'emprise de la noblesse et du clergé. La corruption est devenue courante et Pharaon n'en a plus que le nom. Sentant la population se détourner d'eux, les dieux et déesses décident d'agir pour rendre à l'Égypte toute sa splendeur et sa puissance. À sa demande, Horus obtient les pleins pouvoirs et vient sur terre afin de rétablir l'ordre et la justice. Mérétitès, servante au palais royal, lui voue une telle dévotion qu'elle deviendra divine adoratrice dans le temple d'Edfou.
Thoutmès, né de l'union de Pharaon et d'une épouse secondaire, passe son enfance aux côtés de sa mère, une princesse issue de la famille royale hittite. Rien ne laisse présumer qu'il pourra, un jour, jouer un rôle important en Égypte.
Dès son plus jeune âge il suit, avec ses deux demi-frères, une formation militaire tout en apprenant à lire et à écrire les hiéroglyphes et le langage hittite. Excellent stratège, Il monte rapidement dans la hiérarchie militaire jusqu'à occuper un des postes les plus convoités. La disparition de ses deux demi-frères et son mariage avec la princesse héritière du trône d'Égypte lui ouvrent les portes du pouvoir.